3月以来，中国港口以"港口国监督检查"名义大规模扣押悬挂巴拿马旗帜的船只。据亚太地区港口国监督组织Tokyo MOU数据，3月中国港口共扣押123艘船只，其中91艘（74%）悬挂巴拿马旗，较1月的25艘（30%）和2月的19艘（42%）大幅飙升。巴拿马拥有全球最大船舶注册制度，约9,000艘船只挂其旗帜。4月2日，美国国务卿鲁比奥公开指控中国"霸凌"巴拿马，称扣押行为"破坏供应链稳定、增加企业和消费者成本、侵蚀对国际贸易体系的信心"。美国联邦海事委员会（FMC）主席DiBella称扣押数量"远超历史正常水平"，并指这些检查"在非正式指令下执行，意在报复巴拿马港口资产转移"。中国外交部未直接回应船只扣押指控，转而批评美国试图"夺取运河控制权"。

3月17日，长和旗下巴拿马港口公司（PPC）发表声明称，巴拿马政府未能在ICC国际仲裁庭设定的3月13日截止日前提交回应。PPC称巴方以"未聘请律师、不熟悉争端、需要时间制定方案"为由申请部分延期。PPC谴责巴方"无视协商和国际争端程序"，警告巴方可能"在仲裁中捏造更多毫无根据的指控"。PPC同时表示，巴拿马当局此前搜查其办公室时扣押的公司文件至今仍未归还，称此举"无视法治"。这是巴拿马政府在2月强行接管两港后，在法律层面首次出现明显被动局面。

3月10日起，中国中远海运暂停在巴拿马运河巴尔博亚港和克里斯托瓦尔港的挂靠，取消订舱并将空箱改道至加勒比港口，部分中转业务转移至哥伦比亚布埃纳文图拉港。据航运数据，马士基此前已控制巴尔博亚港约75%-80%的集装箱流量，中远海运实际处理量有限，因此暂停行动的直接运营影响较小。但分析人士指出此举具有象征性意义，反映了北京在运河基础设施控制权问题上的不满，也加剧了国际航运商对巴拿马运河这一全球关键航运通道政治稳定性的担忧。运河承担全球约5%的海运贸易量。

3月9日，长和旗下巴拿马港口公司（PPC）依据国际商会（ICC）仲裁规则正式提交仲裁索赔书，要求巴拿马政府赔偿至少20亿美元。3月25日，PPC宣布扩大索赔范围，称因巴方"极端行政行为、强行接管设施、搜查扣押专有文件"等一系列行为，损失已"超过20亿美元"，并指控巴方长达一年多的"攻击性运动"。PPC还反驳了巴拿马经济部长此前公开声称的15亿美元赔偿数字，称其"歪曲了赔偿金额"。巴尔博亚和克里斯托瓦尔两港占巴拿马年集装箱吞吐量约40%（380万标箱）。与此同时，贝莱德和MSC正与长和推进剔除巴拿马港口后的全球约41个港口收购谈判。

3月6日，长和加大法律攻势。长和旗下巴拿马港口公司（PPC）向巴拿马政府提交了投资条约争端通知的补充文件，为启动国际投资仲裁铺路。与此同时，PPC提出行政请愿书，要求巴拿马政府重新审议授权接管港口的第23号行政法令。PPC还对当局此前搜查其办公室并带走专有文件的行为提出正式法律挑战，称文件包含敏感商业数据。长和声明表示"不同意巴拿马当局最新的侵害性行为"，将"继续与律师评估更多法律选项，包括在国内和国际层面的诉讼程序"。与此同时，贝莱德与MSC正推进剔除巴拿马港口后的全球41港收购谈判。

2026年3月3日，《金融时报》引述知情人士报道，贝莱德牵头财团（包括地中海航运MSC）正与长和谈判，推进剔除已被巴拿马强行接管的两个运河港口、单独完成约41个港口全球业务的收购。报道显示MSC急于获得这批资产以扩展其TiL码头运营版图，双方认为巴拿马港口问题已被"移除"、其余交易可以推进。FT还指出，特朗普计划对华国事访问可能为交易提供额外推动力，因中美关系改善将有助于解决北京对交易的监管审查问题。据报道，长和剔除巴拿马港口后仍可能从修订后的交易中获得逾190亿美元。此前中国国资委旗下中远海运曾要求在财团中占有控股权，导致交易僵持，此次谈判动态尚未正式确认。

2月26日（周四），巴拿马调查警察（DIJ）搜查了长和子公司巴拿马港口公司（PPC）位于巴拿马城Albrook区的办公室，带走多箱文件资料。巴拿马港口公司2月27日发表声明，谴责当局"无视法治"，称这是"入侵并掠夺PPC财产的最新举措"，指控当局未经通知进入私人存储设施且忽视对敏感商业数据的保护请求。同日，巴拿马总统穆利诺在新闻发布会上称长和在巴拿马"数十年来傲慢行事、缺乏透明"，并表示中国比巴拿马更需要运河。中国外交部2月27日重申立场"明确无误"，将"坚决维护企业利益"。长和港股当日收跌0.6%。与此同时，两座港口已在马士基APM Terminals和地中海航运TiL的临时运营下恢复作业。

2月23日，巴拿马总统穆利诺签署行政法令，授权海事局接管两港。政府人员在未获邀请下强行进入巴尔博亚港和克里斯托瓦尔港，宣布特许经营权失效，要求长和终止运营，驱逐管理层并威胁员工不得与公司沟通否则面临刑事检控。接管范围包括所有动产：起重机、车辆、计算机系统及软件。马士基旗下APM Terminals接管巴尔博亚港，地中海航运旗下TiL接管克里斯托瓦尔港，临时运营最长18个月，之后将公开招标。长和24日发声明称行动"不合法"，属"强行没收"，誓言通过一切法律途径追究。香港特区政府24日提出严正抗议。美国驻巴拿马大使则为裁决辩护，称其对巴拿马人民是"非常好的"决定。

2月19日长和主动致函巴拿马政府，提出召开圆桌会议就继续运营港口事宜进行谈判，展现"法律维权+协商谈判"双轨策略。巴拿马方面释放矛盾信号：总统穆利诺2月7日曾表示港口经营权"可以谈判"，暗示长和可参与未来公开招标但须接受股权稀释，但谈判请求实际未获回应。

2026年2月3日，长和旗下巴拿马港口公司依据国际商会仲裁规则对巴拿马政府启动国际仲裁程序，索赔金额据报约20亿美元。2月4日长和董事会正式声明强烈反对裁决。中国外交部先后于1月30日和2月5日两次表态"坚决维护中方企业正当合法权益"，国务院港澳办发文批评裁决"罔顾事实、背信弃义"。香港特区政府商经局局长两度召见巴拿马驻港总领事提出抗议。2月10日长和向马士基发出警告，称任何第三方未经同意接管港口将面临法律追究。

2026年1月29日，巴拿马最高法院裁定1997年第5号法律授权的特许经营合同及2021年续约协议均"违宪无效"。法院认定合同对长和构成不合比例的偏袒，损害国家财政利益：2021年续约未经公开招标属"私下续约"，长和享有的税收优惠让巴拿马损失10至15亿美元，且合同中"政府新建竞争性码头需经长和同意"的条款将国家发展决策权让渡给了私人企业。长和股价当日大跌4.6%，公司声明称裁决缺乏法律依据，保留一切法律权利。

2025年7月，巴拿马政府对长和当地子公司提起两起诉讼，巴拿马审计长指控2021年续约协议导致国家损失超10亿美元税收，建议撤销合约。巴拿马总统穆利诺同月表示，若法院宣布合同无效，可能安排"公私合营企业"接管港口。巴拿马海事局开始筹备接管事宜。

2025年3月，长江和记宣布计划以约228亿美元将全球港口业务80%股权出售给贝莱德、全球基础建设合伙公司及地中海航运旗下TiL组成的财团，涉及23国43个港口（不含中国大陆及香港）。其中巴拿马运河两端港口的出售尤为敏感。该交易引发中国国内广泛争议，被视为涉及战略资产流失。145天排他谈判期于7月到期未能完成，长和随后寻求引入中远海运等中国投资者加入财团。

2025年1月特朗普就任后威胁不排除用武力或经济手段收回巴拿马运河。同月巴拿马政府对长和子公司巴拿马港口公司启动审计，审查1997年特许经营合同及2021年续约协议。审计报告指控公司存在未支付款项、会计错误等违规行为，称巴拿马因此损失约3亿美元。2月美国国务卿鲁比奥访问巴拿马，称中国对运河的影响"不可接受"，要求立即做出改变。