2月23日，巴拿马总统穆利诺签署行政法令，授权海事局接管两港。政府人员在未获邀请下强行进入巴尔博亚港和克里斯托瓦尔港，宣布特许经营权失效，要求长和终止运营，驱逐管理层并威胁员工不得与公司沟通否则面临刑事检控。接管范围包括所有动产：起重机、车辆、计算机系统及软件。马士基旗下APM Terminals接管巴尔博亚港，地中海航运旗下TiL接管克里斯托瓦尔港，临时运营最长18个月，之后将公开招标。长和24日发声明称行动"不合法"，属"强行没收"，誓言通过一切法律途径追究。香港特区政府24日提出严正抗议。美国驻巴拿马大使则为裁决辩护，称其对巴拿马人民是"非常好的"决定。

2月19日长和主动致函巴拿马政府，提出召开圆桌会议就继续运营港口事宜进行谈判，展现"法律维权+协商谈判"双轨策略。巴拿马方面释放矛盾信号：总统穆利诺2月7日曾表示港口经营权"可以谈判"，暗示长和可参与未来公开招标但须接受股权稀释，但谈判请求实际未获回应。

2026年2月3日，长和旗下巴拿马港口公司依据国际商会仲裁规则对巴拿马政府启动国际仲裁程序，索赔金额据报约20亿美元。2月4日长和董事会正式声明强烈反对裁决。中国外交部先后于1月30日和2月5日两次表态"坚决维护中方企业正当合法权益"，国务院港澳办发文批评裁决"罔顾事实、背信弃义"。香港特区政府商经局局长两度召见巴拿马驻港总领事提出抗议。2月10日长和向马士基发出警告，称任何第三方未经同意接管港口将面临法律追究。

2026年1月29日，巴拿马最高法院裁定1997年第5号法律授权的特许经营合同及2021年续约协议均"违宪无效"。法院认定合同对长和构成不合比例的偏袒，损害国家财政利益：2021年续约未经公开招标属"私下续约"，长和享有的税收优惠让巴拿马损失10至15亿美元，且合同中"政府新建竞争性码头需经长和同意"的条款将国家发展决策权让渡给了私人企业。长和股价当日大跌4.6%，公司声明称裁决缺乏法律依据，保留一切法律权利。

2025年7月，巴拿马政府对长和当地子公司提起两起诉讼，巴拿马审计长指控2021年续约协议导致国家损失超10亿美元税收，建议撤销合约。巴拿马总统穆利诺同月表示，若法院宣布合同无效，可能安排"公私合营企业"接管港口。巴拿马海事局开始筹备接管事宜。

2025年3月，长江和记宣布计划以约228亿美元将全球港口业务80%股权出售给贝莱德、全球基础建设合伙公司及地中海航运旗下TiL组成的财团，涉及23国43个港口（不含中国大陆及香港）。其中巴拿马运河两端港口的出售尤为敏感。该交易引发中国国内广泛争议，被视为涉及战略资产流失。145天排他谈判期于7月到期未能完成，长和随后寻求引入中远海运等中国投资者加入财团。

2025年1月特朗普就任后威胁不排除用武力或经济手段收回巴拿马运河。同月巴拿马政府对长和子公司巴拿马港口公司启动审计，审查1997年特许经营合同及2021年续约协议。审计报告指控公司存在未支付款项、会计错误等违规行为，称巴拿马因此损失约3亿美元。2月美国国务卿鲁比奥访问巴拿马，称中国对运河的影响"不可接受"，要求立即做出改变。