2月24日管控名单公布后，日本政府当日向中国驻日使馆临时代办施泳提出正式抗议。内阁官房副长官佐藤的日表示管制措施"完全不可接受、极为遗憾"，要求中方撤回。外务省亚洲大洋洲局长金井正彰批评措施"仅针对日本、偏离国际惯例"。在东京股市，被列入名单的企业遭遇抛售：三菱重工收跌3.1%，IHI收跌5.73%，斯巴鲁一度跌4.6%。彭博社分析指出，高市早苗选举大胜后日方曾寄望中方"软化"态度，但中方用实际行动表明不会退让。多数被列企业未发表即时评论。

2026年2月24日，商务部同时发布第11号和第12号公告，对日出口管制再度大幅升级。第11号公告将三菱造船、三菱重工航空发动机、川崎重工航空宇宙系统、富士通防卫、IHI、NEC、日本宇宙航空研究开发机构（JAXA）、防卫大学等20家参与提升日本军事实力的实体列入出口管制管控名单，禁止向其出口两用物项，正在进行的相关活动须立即停止。第12号公告将斯巴鲁等20家无法核实最终用户和用途的实体列入关注名单，对其实施更严格的审查。商务部发言人强调，措施目的是制止日本"再军事化"和拥核企图，不影响中日正常经贸往来。

2026年2月8日，日本举行众议院选举，高市早苗领导的自民党以压倒性优势获胜。高市凭借强硬的对华姿态和修宪扩军主张赢得大批选民支持，尤其吸引了愿意质疑日本"和平主义"路线的年轻一代。选举结果意味着高市将继续执政并获得更强的国会多数席位，甚至可能推动修改和平宪法。中国外交部发言人林剑在2月9日回应中方期望时重申原则立场。分析人士指出，日方曾寄望选举胜利后中方会"软化"态度，但中方并未做出让步。

2026年1月11日，沉默近一周后，日本首相高市早苗首次公开回应中方出口管制措施，通过NHK表态称"令人无法接受"，质问"为什么只针对日本"，声称措施"不符合国际惯例"。高市随后在授意下由财务大臣片山皋月紧急访美，试图搬出G7施压。但法国作为G7轮值主席国明确表示G7不应成为对抗他国的工具，美国也未配合。中方商务部1月15日对日方要求撤回管制的抗议回应称"坚决反对、不予接受"，指出措施根源在于高市的错误言行。

管制措施实施后，日本产业界受到冲击。《华尔街日报》1月8日报道中国已开始限制向日本出口稀土；1月10日日本媒体确认有中国国企拒绝续签与日本企业的稀土及半导体稀有金属销售合同。据野村综合研究所测算，若稀土出口管制持续三个月，日本可能损失约6600亿日元。大和综合研究所分析称，若关键矿产供应长期中断，日本GDP或下降1.3%至3.2%。日本约70%的稀土进口来自中国，部分重稀土元素依存度接近100%，但日本近年来也在积极推进供应链多元化。

2026年1月7日，日本外务省亚洲大洋洲局长金井正彰向中国驻日使馆提出抗议，称措施"仅针对日本、偏离国际惯例"，要求中方撤回。中国外交部发言人毛宁回应称，中方依法依规采取措施完全正当合理，敦促日方正视问题根源、反思纠错。中国驻日大使吴江浩驳回日本外务事务次官船越健裕的交涉。同日，中国商务部宣布对原产于日本的进口二氯二氢硅发起反倾销调查，该材料用于半导体制造。

2026年1月6日，中国商务部发布2026年第1号公告，宣布即日起加强两用物项对日本出口管制。公告禁止所有两用物项对日本军事用户、军事用途，以及一切有助于提升日本军事实力的其他最终用户用途出口，涵盖稀土、镓、锗、锑等战略矿产在内的1000余项物项。商务部发言人指出，此举针对日本领导人涉台错误言论，目的是制止日本"再军事化"和拥核企图。公告同时规定任何国家和地区的组织和个人违规转移中国原产两用物项给日本实体，均将依法追究法律责任。

2025年11月7日，日本首相高市早苗在国会众议院答辩时表示，中国大陆对台湾使用武力可能构成日本的"存亡危机事态"，暗示日本可能动用自卫队介入台海局势。这是二战后首次有日本首相在正式场合作此类表态。中国外交部次日提出严正交涉，此后中方发布赴日旅行警告、暂停进口日本水产品等措施。高市多次拒绝撤回言论，日本国内也出现批评声音，前首相石破茂、鸠山由纪夫等对其言论提出异议。中日关系陷入严重紧张。